Les 82 chercheurs ou enseignants-chercheurs permanents de l’ISMO sont répartis en fonction de leurs thématiques de recherche dans six équipes. Ce découpage permet une certaine mutualisation des moyens expérimentaux, et  favorise les interactions entre les sous-groupes propres à chaque équipe.  Le caractère pluridisciplinaire du laboratoire  se traduit également par le regroupement de plusieurs équipes autour de sujets transverses soit à la frontière des disciplines soit plus large et nécessitant de multiples compétences.